但有人持不同意見，認為巴人在廩君一統部落前就與中原黃帝關係緊密，巴人與中原華夏屬同一來源，甚至認為是黃帝所統率眾多部落中的一支。而且，與巴人並稱的蜀國，據說和「夏」同出於黃帝之孫顓頊。巴國出土的大量精美青銅竟然與千里之遠， 被「蜀道難，難以上青天」的高山深谷相隔絕的殷商青銅器有完全相同的樣式。因此巴國的文化並不是完全自生，而是與中原文明本是同根生。巴人與周代有關係比較明確，但是否與黃帝、夏、商有關係還是個謎。

　關於巴國的另一個未解之謎是巴人為何突然失蹤了，在歷史中變得毫無音訊。十數萬巴人神奇失蹤之謎，千百年來無數人為之苦苦追尋，試圖找出謎底，但都是難得其解。

　有人說，巴國被秦軍滅後，其人口也被全部坑殺，這種說法也許更多是基於秦軍的殘暴和坑殺趙軍二十萬之說上的猜測。

　有人說，巴國人在滅國後，除死傷外都大規模遷移了。陜西商洛地區考古專家在探尋商洛九百多個神秘洞窟起源時，又有了失蹤巴人的驚人發現。據了解，商洛發現的神秘洞窟均面山、臨水，故每每進洞，須越過湍急的河流。洞內呈長方形，四壁平整， 人工開鑿痕跡明顯。就目前已知的巴人習性而言，神秘洞窟的本身就與巴人在川生活有著許多相同之處。又發現了船棺葬的殘存物， 而且還有一些巴人文物相繼出土。◇